1月18日（火）、運輸省傘下の民間航空局（CAAP）は、ワクチン未接種者及びワクチンを完全に接種していないものは健康上の理由から接種が出来ない等の一部の例外を除き、マニラ国際空港への立ち入り及び搭乗を禁じると発表した。これは運輸省がマニラ首都圏でワクチン未接種者は公共の乗り物に乗ることを許可しないという決定の一部であるとしている。
民間航空局の局長は、ワクチンを完全に接種して2週間経過した者がマニラ国際空港への立ち入りが認められ、飛行機の搭乗も許されると述べ、空港に立ち入りする全ての乗客のワクチン接種確認、搭乗券を受け取る前に再度ワクチン接種証明書を確認する作業を徹底するよう申し入れたとコメントしている。有効なワクチン接種証明書はフィリピン政府が発行するもの、政府と協定を結んでいる国の接種証明書、WHOの接種証明書であるとしている。
日本のワクチン接種証明書はフィリピン政府と協定を結んでいるため有効であるが、マニラ首都圏では空港のみならず、公共交通機関、シッピングモール等、ワクチン接種証明書を持たないものはあらゆる場所で行動が制限されるため、導入初日は多くの場所で混乱が生じている。一方、ダバオ市はワクチン接種証明書等を所持していない場合でも空港、公共交通機関、ショッピングモール等の利用が認められている。
ダバオ市のサラ・ドゥテルテ市長は、経済的な損出、航空会社の負担、旅行者の不便性を考慮すると、ダバオ国際空港到着時のPCR検査陰性証明書提出や市内への入境時にワクチン接種証明を求めることはしないが、レジャーでの訪問や娯楽活動を控えるよう市民に注意喚起を行っている。
