保健省（Department of Health 以下DOH）は11月初旬に起きた地震の後、被災者の健康調査を行った。
調査によると、ダバオ地域とコタバト州の避難所で確認された症状は、気道感染症（かぜなど）が約4,500件、高血圧が約1,700件、頭痛が約650件、その他、下痢や発熱も100件以上に上り、被災者の健康状態は芳しくないという。DOHはコタバト州保健事務所に携帯用の水、貯水槽、浄水器、救急箱などを提供した。
DOHダバオ事務所のAbdullah B. Dumama Jr.氏は、いくつかの避難所では、麻疹（はしか）の疑いがある患者が確認されたことを公表した。DOHは緊急調査チームを派遣し、厳重な監視と調査を行っていくという。
同氏はまた、デング熱は現在のところ確認されていないが、予防のため殺虫剤の散布を行っていると説明した。
一方、国家栄養委員会（National Nutritional Council）は、被災地域での栄養状態を調査し、環境衛生について啓もう活動を行った。また委員会は避難所で約2,500名の被災者と会話などを通じて支援を行ったと発表した。
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