日本からマニラを経由してダバオに来られる日本人の訪問者にも影響がでるかもしれない。2023年3月22日、マニラ国際空港の運営会社であるマニラ国際空港公社（MIAA）は現在フィリピン航空が国際線及び国内線専門として使用している第二ターミナルを2023年7月から国内全ての国内線に利用する考えを明らかにした。
MIAAシニアアシスタントジェネラルマネージャーであるBryan Co氏は地元紙のインタビューで、第二ターミナルは90年代後半の仕様でデザインされており、元々は国内線として使用する予定であったと述べ、第二ターミナルの運用が開始された1999年以降、イミグレーションや税関エリアも国際線利用の仕様でないことを強調している。
また同氏は、第二ターミナルは現在フィリピン航空専用のターミナルとして運用されているが、マニラ国際空港のターミナル割り当て合理化プログラムの下、6月16日までにフィリピン航空の国際線は第一ターミナルへ移動することになるだろうと述べ、7月1日からはフィリピンエアアジアも含む国内線の全てを第二ターミナルに割り当てる予定であると語っている。
第二ターミナルの国内線化に伴い、現在第二ターミナルに配置されている入管及び税関職員も第一及び第三ターミナルへ配置換えになるということで、同氏は現在非常に混み合っている第一及び第三ターミナルの入管カウンターも効率化が図られるであろうと付け加えた。
この報道に対してSNS上では、ユーザーからは第二ターミナルが国内線専門になるのは良いとしても、ターミナル間の移動を何とかしてほしいというようなターミナル間の移動に関する要望が多く寄せられている。
