2023年3月22日、マニラ国際空港の運営会社であるマニラ国際空港公社（MIAA）は現在フィリピン航空が国際線及び国内線専門として使用している第二ターミナルを2023年7月から国内全ての国内線に利用する考えを明らかにしたが、27日（月）フィリピン航空はいくつかの路線を2023年4月16日から第一ターミナル発着に切り替えることを発表した。
4月16日からターミナル発着が第二から第一に切り替わる路線は、ベトナム（ホーチミン）、カンボジア（プノンペン）、シンガポール、バリ、カナダ、アメリカ路線で、出発も到着も第一ターミナルに変更される。その他の国際線発着便は第二ターミナル利用で据え置きとなる。
これにより、4月16日から第一ターミナルの利用となるフィリピン航空路線は、ベトナム（ハノイ、ホーチミン）、カンボジア（プノンペン）、シンガポール、バリ、カナダ（トロント、バンクーバー）、アメリカ（ロサンゼルス、サンフランシスコ、ニューヨーク、ホノルル、グアム）、ドバイ、ドーハ、ダマーン、リヤドとなる予定である。
引き続き、第二ターミナル利用となる路線は、すべての国内線に加え、オーストラリア（シドニー、ブリスベン、パース、メルボルン）、バンコク、韓国（ソウル、釜山）、中国本土（北京、上海、広州、晋江、廈門、香港）、ジャカルタ、クアラルンプール、マカオ、ポートモレスビー、台北及び日本（福岡、関西、名古屋、成田、羽田）が予定されている。
フィリピン航空は国際線ターミナル変更について、ターミナル間の移動に伴うシャトルバスを乗り継ぎ客に無料で提供しており、到着時にトランスファーデスクでシャトルの利用を伝えてほしいと周知している。
現在マニラ国際空港では、ターミナル割り当て合理化プログラムの下、6月16日までにフィリピン航空の国際線は第一ターミナルへ移動することを目指しており、7月1日からはフィリピンエアアジアも含む国内線の全てを第二ターミナルに割り当てることを予定している。日系航空会社は日本航空が第一ターミナル、全日空が第三ターミナルの利用となるが、今のところ変更の予定は発表されていない。
